三清山具有优越的自然条件，山高谷深，森林密布，气候温和，雨量适中，动植物资源十分丰富，品种繁多。据考察统计，三清山现有林区面积30.8万亩，森林覆盖率达88.1％，森林植被属于中亚热带东部常绿阔叶林，植被垂直分带明显。
三清山珍稀动植物较多，总面积达8000多亩连片的华东黄山松成为一道奇观；福建柏玉兰、高山杜鹃、金桂、天女花等名贵花卉，将三清山装扮的格外美丽；高山珍珠黄杨、香果树，红豆杉、银杏、罗汉松、水晶兰、野牡丹、百合花、吊兰、紫丁香、金钱豹、短尾猴、五音鸟、黑麂等许多珍稀动植物是国家重点保护对象。
据调查，三清山生长有大量的草本类药用植物和木本类药用植物，药用植物达349种，隶属于124科，其中兰类植物6科7种，地衣类植物2科2种，苔藓类植物2科2种，蕨类植物14科23种，裸子植物6科8种，被子植物中双叶植物85科272种，单子叶植物9科35种。主要有厚朴、何首乌、灵芝、杜仲、南沙参、绞股兰、三叶青等等。